Inizia lo studio della Composizione a Roma nel 1953 con l'americano R.W.Mann e stabilitosi in quella città negli anni '60 sarà uno dei promotori (insieme a A.Clementi, F.Evangelisti e D.Paris) della nascita dell'Associazione "Nuova Consonanza" per la promozione e la diffusione della musica contemporanea in Italia.
Dopo l'esordio nell'ambito della Seconda settimana internazionale di nuova musica a Palermo nel 1962 con L'anima e i prestigi su una lirica di Lucio Piccolo, le sue musiche, commissionate da prestigiosi interpreti e istituzioni musicali, sono state eseguiti nei più importanti festival e rassegne italiane ed estere, dalla Biennale di Venezia alla Biennale des jeunes di Parigi al Reconnaissance des musiques modernes di Bruxelles. Il catalogo delle sue opere è in prevalenza costituito da opere cameristiche e per orchestra. Tra le prime, è da citare il cicloCarteggio per flauto, violoncello e clavicembalo, la cui prima si ebbe nelle Sale apollinee de La Fenice nel 1979 e, in una versione con implicazioni teatrali, l'anno successivo a Milano, alla Piccola Scala. Delle tante partiture per strumento solista e orchestra si ricordano le tre partiture per flauto e orchestra (Arioso mobile, 1981; Eclisse a Fleri, 1985; Scena, 1996), le due per arpa e orchestra, composte per i concerti dell'Accademia di Santa Cecilia (L'arrivo dell'Unicorno, 1985; Angelica in bosco, 1991) e, per viola e orchestra, La partenza di Tisias (1979). Commissionatogli dalla RAI per i cinquant'anni dell'Orchestra Sinfonica di Torino ha composto nel 1985 un ampio lavoro orchestrale, Memorie e Varianti.
Le opere vocali segnano tutto il percorso compositivo di Pennisi: qui si ricordano Era la notte, per soprano, clavicembalo e orchestra su alcuni versi del Tasso; Medea dixit su un testo ovidiano; Aci, il fiume su frammenti da Ovidio e Gòngora; Altro effetto di luna (1996), su una lirica di Eugenio Montale; L'ape iblea (1998) per soprano, voci recitanti e orchestra su testo di Vincenzo Consolo, composta per l'Orchestra della Toscana. Tra le opere più recenti, Nox erat (2000), melologo su frammenti dal quarto libro dell'Eneide di Virgilio; l'opera è stata commissionata dal Teatro A. Ponchielli di Cremona e dal Teatro del Maggio Musicale Fiorentino; Farfalle (2000), su una lirica di Addamo; May be Blues (2000), per pianoforte; di un quieto sonare (2000), per clavicembalo, in memoria di Paola Bernardi.
È del 1972 la sua prima esperienza di teatro musicale, Sylvia simplex (Biennale di Venezia, Teatro di Palazzo Grassi); del 1982 - su proprio testo e proprie scene: Descrizione dell'Isola Ferdinandea (Accademia Filarmonica Romana). Nel 1991 fu messa in scena a Gibellina L'esequie della luna, la sua terza opera su una narrazione fantastica di Roberto Andò da Lucio Piccolo alla quale seguì, per la Biennale di Venezia del 1995, Tristan su un inedito giovanile di Ezra Pound, composta anch'essa per la Biennale di Venezia.
Alla sua produzione grafico-pittorica, esposta in occasione di alcune mostre, allestite dall'American Academy (Roma, 1973), dalla Discoteca dell'Università di Palermo (1978), a Palazzo Venezia (Roma, 1985), e presso il Goethe Institut Rom, nel 1995 e nel 2001, oltre alle scene per le sue opere e alle immagini che accompagnano suoi lavori, si devono due libri dell’Editore Flaccovio.
Le sue opere sono pubblicate da Casa Ricordi, Suvini Zerboni ed Edipan.
Dal 1995 è stato Accademico di Santa Cecilia.
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